Durante toda la educación obligatoria y en Bachillerato, desde Primero a Duodécimo, y para aquellos alumnos que, aprovechando los medios ordinarios, prestando la adecuada atención en clase y dedicándose al estudio del modo indicado, no alcanzan los objetivos previstos en una o más materias, el Colegio arbitra clases de refuerzo con las que trata de desarrollar en ellos las habilidades, destrezas y conocimientos que no han podido alcanzar al mismo tiempo que sus compañeros de clase.

Este sistema de refuerzo constituye de hecho uno de los pilares básicos del proyecto educativo del Colegio de San Francisco de Paula, de ahí que sea un servicio que se ofrece sin aumento de coste para las familias. Con él se atiende las necesidades y peculiaridades de cada uno de los alumnos.  En Primer y Segundo ciclos de Primaria, el refuerzo tiene una duración de 60 minutos y se realiza dentro del horario escolar habitual del alumno, simultáneamente a la impartición de la asignatura que corresponda. En ocasiones el alumno sale del aula ordinaria y va al aula de refuerzo con el Profesor de refuerzo; otras veces es éste quien se queda en la clase con el profesor Titular, sacando a los niños del aula habitual y llevándolos a la de refuerzo. En los restantes niveles, el refuerzo se realiza en el periodo de tiempo que media entre la última clase de la mañana y la primera de la tarde y las clases son de 45 minutos semanales en cada una de las asignaturas que se imparten. En el Colegio se imparten clases de refuerzo de Lengua española, desde 1º a 10º; de Matemáticas, desde 1º a 10º; de Ciencias Naturales, desde 7º a 9º; de Física y Química, desde 10º a 12º; de Inglés (dos modalidades), desde 1º a 12º; de Educación Física, desde 1º a 10º; de Ciencias Naturales en Inglés, desde 7º a 10º; de Francés, desde 7º a 10º; y de Alemán, desde 7º a 10º. Por su parte, la Escuela Infantil imparte clases de refuerzo en el Área Lógico-Matemática, en el de Comunicación y Lenguaje y en el de Conocimiento del Medio (en inglés). El acceso a estas clases de refuerzo es decidido por el profesor titular de las citadas materias, previa comunicación al tutor y a la familia, y la aceptación de ésta. Según el rendimiento mostrado por el alumno, el profesor puede remitir a los alumnos a las clases de refuerzo en cualquier momento del año, siempre teniendo en cuenta el número total de alumnos que asisten a estas clases, que será reducido. La salida de las clases de refuerzo por haber superado las dificultades de aprendizaje se lleva a cabo igualmente por petición del profesor titular.